Batrachoides pacifici posee un cariotipo 2n = 46, NF = 64 constituido por 3 pares metacéntricos (M), 4 pares submetacéntricos (SM), 2 pares subtelocéntricos (ST) y 14 pares acrocéntricos (A). Las Regiones Organizadoras del Nucleolo (RON) fueron detectadas en el extremo terminal de los brazos cortos de un par acrocéntrico de tamaño mediano. La tinción secuencial permitió identificar a estos elementos como el par 21. El bandeo C reveló bloques de heterocromatina constitutiva en las regiones centroméricas y pericentroméricas de casi todos los cromosomas. En algunos cromosomas también fueron observadas regiones intersticiales banda-C positivas. Los datos presentados y su comparación con los de otras especies de la familia indican que el estudio del cariotipo tiene un potencial citotaxonómico de gras valor que pueden contribuir a dilucidar las relaciones filogenéticas en los Batrachoididae.