Se estudió la variación espacial y temporal del micro y mesozooplancton en la parte interna de la bahía de Mochima en época de sequía, se efectuaron muestreos diarios empleando una bomba de succión, a intervalos de 6 horas (04:00, 10:00, 16:00 y 22:00) durante una semana, a tres profundidades (0, 5 y 10 m). Se midieron variables hidrológicas e hidrobiológicas. Para poner a prueba la hipótesis nula de que no existieron diferencias entre los días, horas y profundidades de la densidad por grupo del micro y mesozooplancton se aplicó un PERMANOVA. Además, se realizó un análisis RELATE para determinar las correlaciones entre el zooplancton y los datos ambientales. La temperatura mostró valores superiores a los esperados para época de surgencia (>23ºC) y las concentraciones de nutrientes fueron altas. La densidad media del microzooplancton (36706 org.m-3) fue mayor que del mesozooplancton (1359 org.m-3). El microzooplancton estuvo representado por copépodos (62,74 %) y cladóceros (18,54 %), en el mesozooplancton dominaron los cladóceros (72,31 %) y los copépodos (19,09 %). Ambas tallas presentaron variaciones intradiarias; mientras el microzooplancton mostró diferencias con respecto a la profundidad por horas, presentando las mayores densidades en horas nocturnas (22:00 y 4:00 horas), evidenciándose el fenómeno de migración vertical diaria. Las variables hidrológicas fosfato y nitrito, parecen estar influenciadas por las descargas de la laguna de estabilización y por la actividad antropogénica de la zona.